Uno de los mayores retos del cultivo, ya sea en tierra o en sistemas hidropónicos, es proteger eficazmente las raíces de los patógenos. Dado el cuidado que ponen los cultivadores en el desarrollo del sistema radicular, es comprensible que el tiempo y el esfuerzo invertidos les compensen a largo plazo. El Pythium, el Fusarium, el Verticillium y otras bacterias y hongos patógenos pueden causar daños irreparables en los sistemas hidropónicos de un día para otro, sobre todo en épocas cálidas, cuando el aire caliente favorece la propagación de los mohos.